六大问带你看懂 RNA 质控金标准-RNA 完整值 (RIN)
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六大问带你看懂 RNA 质控金标准-RNA 完整值 (RIN)

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第一问:RIN值是什么?
RIN全称RNA integrity number,是安捷伦公司开发的应用于自动化电泳系统2100生物分析仪中用来评价RNA完整性的一个指标。


第二问:为什么要测RNA完整性?

评价RNA完整性是核酸质控的一种,对后续实验的准确性很重大意义。可以被看做是获得有意义基因表达数据的第一个关键步骤。采用完整的RNA是下游做基因定量,测等实验成功的关键要素。


第三问:RIN值是如何开发的?

RIN值是针对使用安捷伦2100生物分析仪检测真核生物总RNA系统来开发的。安捷伦用科学家采集了来自于人,大鼠,小鼠的不同组织约1300份样本的总RNA数据,并对其进行分析。所有的样本RNA完整程度都不相同。科学家们预设了1-10的编号,并将这些样本手动分类至对应的编号(数字越大,完整性越好)。

IN算法是基于神经网络等自适应学习工具开发而成。这些学习工具可以从电泳图中提取的关键特征,例如信号面积,强度和比值。以图1举个列子,电泳图被分为不同区域(前区、5S区、快速区、中区、前体区、后区)和峰(标准品、18s、28s)。安捷伦2100生物分析仪配套分析软件可以根据检测结果生成RIN值。
 

图 1 电泳图分区


第四问:RIN值怎么看?

RIN值可以设置为整数,见图2。 数字越大,代表RNA完整性越高,数字越小,表示RNA降解的越厉害。一般在测序应用中,一般推荐RIN值要大于7;若RIN<6,会建议重新送样;RIN在6-7之间,存在测序风险。
 

图 2 不同RIN值代表的RNA完整性


第五问:RIN值如何应用?

用安捷伦2100生物分析仪测量RIN值是检测RNA完整性的有力工具。在提取样本RNA之后检测RIN值,同时需要和下游实验例如qPCR等建立关联,设定一个下游实验成功与否的RIN阈值。该阈值可作用于标准RNA质量控制。检测的RIN值大于阈值的样本通过质控QC检验,而低于阈值的样本则要被去除。
 

第六问:为什么选择检测RIN值?

更加快捷,省时
相比较于传统人工电泳实验,采用安捷伦2100生物分析仪,一次可以同时检测5-12样本,节省时间。

减少实验步骤,省力
安捷伦2100生物分析仪搭配检测芯片,无需配胶,无需手动跑胶,大大减少了繁琐的实验流程,相应的也减少了人为误差。

准确度高,省心
经过实验论证,采用RIN值计算RNA完整性的变异系数是为1.4%,远低于采用核糖体比率计算的结果。在不同浓度的样品中,RIN评估的结果也高于核糖体比率。使用RIN值完全可以作为评估RNA完整性的靠谱标准!
 

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今天的分享就到这里了,下一次小编鲁大师会给您带来如何用安捷伦2100生物分析仪做实验哦。青山不改,绿水长流!我们下周再见!
 

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