木瓜蛋白酶（Papain），一种半胱氨酸蛋白酶，由一条单一多肽链组成，包含 3 个二硫键和 1 个维持酶活力所必须的巯基基团。分子量约 23kDa，最佳工作 pH 范围为 6.0-7.0，能够切割大多数的蛋白底物，比胰蛋白酶的水解活性更广。木瓜蛋白酶具有肽链内切酶活性，可裂解碱性氨基酸，亮氨酸或甘氨酸肽键，还具有酯酶和酰胺酶活性。优先识别并切割含大疏水侧链（P2 位）的氨基酸。
木瓜蛋白酶在生化研究中应用广泛，包括：（1）普遍用于细胞分离。某些组织中比其他蛋白酶更温和的分离细胞（比如皮层神经元，视网膜和平滑肌）；（2）用于酶和其他蛋白的结构研究，多肽图谱分析；（3）红细胞血清学中，修饰红细胞表面以改善或破坏许多红细胞抗原的反应性，用作血型分类的辅助方法；还可用于抗体筛选，或抗体鉴定步骤；或血小板血清学研究；（4）用于酶法合成氨基酸，多肽或其他分子；（5）对 IgG和 IgM 抗体处理以制备 Fab 片段；（6）促进整合膜蛋白的溶解；（7）作用于纯化的蛋白聚糖以生产糖肽；（8）用于酶法伤口清创研究。