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5.1 mtDNA提取与突变检测

4.5 线粒体衍生囊泡 | 5.2 mtDNA甲基化检测

研究思路:mtDNA编码13个ETC蛋白,突变导致线粒体病、衰老、癌症,表观修饰(甲基化、羟甲基化)调控mtDNA转录,单细胞水平解析mtDNA异质性。

实验步骤

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    实验流程

    1、线粒体分离:按“第一部分”提取高纯度线粒体,避免核DNA污染。

    2、mtDNA提取:线粒体沉淀加mtDNA提取缓冲液(50mM Tris-HCl pH8.0、10mM EDTA、1% SDS、200μg/mL蛋白酶K),55℃孵育1h,酚-氯仿抽提,乙醇沉淀,TE溶解。

    3、突变检测:

    a)一代测序:PCR扩增mtDNA全长(16.5kb),引物覆盖全部编码区/非编码区,Sanger测序比对参考序列(NC_012920)。

    b)二代测序(NGS):mtDNA捕获测序,检测低丰度突变(异质性),分析突变负荷。