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1.1 序列查询、引物设计、酶切位点的分析

| 2.1 样本核酸稳定

视频素材来源于YouTube  https://www.youtube.com/watch?v=c-f1H07D_70
版权归原作者所有

 

实验步骤

  • 1
  • 2
  • 3
  • 1

    NCBI查询序列

    NCBI进行序列的查询,找到CDS序列或者启动子序列等等(根据客户实验而定),用Premier 5Snapgene(SC-1-1)CLC Main Workbench, Network Plus(832041)软件设计引物,转录本的注意可变性剪切的问题,Genbank有完整的核酸信息;

  • 2

    酶切位点分析

    酶切位点注意PCR片段是否含有使用的酶切位点,载体酶切位点选取尽量不要选取相近的酶切位点,尽量不要选非单一位点,尽量不要选取靠边的位点,后续验证,尽量不要选择平末端的酶切位点;

  • 3

    目的基因的引物设计

    包含保护碱基+酶切位点+CDS结合区域(可选),引物长度在16-23bp,退火的温度55-65度,GC含量在40-60%,避免二级结构,会不利于结合到模板,避免发卡、自身互补等结构,避免重复序列处设计引物,会发生错配的情况,设计好的引物需要在NCBI进行blast,验证其特异性。

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