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在FFPE样本的前处理过程中，福尔马林固定使得组织中的DNA之间、DNA与蛋白质、RNA等发生随机交联并使得DNA降解，石蜡包埋过程又加速了DNA降解，给下游的PCR及高通量测序带来很大挑战。
该流程按照QIAGEN的QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(货号：56404)流程为例，此试剂盒中不包含脱蜡成分，可单独购买QIAGEN Deparaffinization Solution(19093)或选择完整试剂盒(56604)。
实验步骤
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切除多余石蜡
用解剖刀将样本块多余的石蜡切除；
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切片
切8片5–10μm厚的样本；(如果样本外围暴露于空气，可以丢弃开始的2—3片)；
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加入脱蜡液
把切好的样本立刻置于1.5或2ml离心管中，并加入1ml脱蜡液(货号：19093)。盖上管盖于振荡器上剧烈震荡10s；
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离心
最大转速室温离心2分钟；去上清，切勿碰到沉淀；
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加入乙醇
加入1ml 96–100%乙醇于沉淀，振荡混匀；(乙醇抽提样本中残余的二甲苯)，最大转速室温离心2分钟；去上清，切勿碰到沉淀；(用小枪头小心去除残余乙醇)；
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孵育
打开管盖室温(15–25°C)或37°C孵育10分钟，直到残留的酒精蒸发干净；
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加入试剂，混匀震荡
用180μl Buffer ATL重悬沉淀，加入20μl proteinase K，振荡混匀；
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孵育
56°C孵育1小时，直到样本完全裂解；90°C孵育1小时；(在Buffer ATL中90°C孵育会部分逆转核酸的甲醛修饰，过长的孵育时间或过高的孵育温度都会导致更多的DNA断裂。如果只有一个水浴装置，在56°C孵育完后请置于室温，等到水浴升到90°C再开始孵育)；
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短暂离心
短暂离心，去除1.5ml离心管管盖内壁的液滴；
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加入Buffer和乙醇
加200ul Buffer AL到样品中，振荡器上彻底混匀，然后加入2ml 96–100%乙醇，再次用振荡器彻底混匀；短暂离心，去除1.5ml离心管管盖内壁的液滴；
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弃除装有流液的收集管
将QIAamp MinElute column放置在2ml收集管中，在不打湿边缘的情况下，将全部裂解液小心转移到QIAamp MinElute column，盖上管盖，6000xg(8000rpm)离心1分钟，将QIAamp MinElute column放置于另一个干净的2ml收集管中，弃除装有流液的收集管；
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加入Buffer AW1，并离心
小心打开QIAamp MinElute column，在不打湿边缘的情况下，加入500ul Buffer AW1，盖上管盖，6000xg(8000rpm)离心1分钟，将QIAamp MinElute column放置于另一个干净的2ml离心管中，弃除装有流液的收集管；
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加入Buffer AW2，并离心
小心打开QIAamp MinElute column，在不打湿边缘的情况下，加入500ul Buffer AW2。盖上管盖，6000xg(8000rpm)离心1分钟，将QIAamp MinElute column放置于另一个干净的2ml离心管中，弃除装有流液的收集管；
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离心
全速20,000xg(14,000rpm)离心3分钟以彻底干燥QIAamp MinElute column中的膜；
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加入Buffer ATE
将QIAamp MinElute column置于一个干净的1.5ml离心管内，弃除装有流液的收集管。小心打开QIAamp MinElute column的管盖，往膜中央加入20–100μl Buffer ATE；
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得到纯化后的DNA
盖上管盖，室温(15–25°C)放置1分钟，全速20,000xg(14,000rpm)离心1分钟。得到纯化后的DNA。