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9.1 上机测序

| 10.1 数据分析

这里我们以MiSeq TM Dx Reagent Kit v3为例,产品货号20011197,产品列表详见右下方推荐产品

 

测序反应通用试剂盒(测序法)由试剂盒1和试剂盒2两部分组成。

试剂盒 组分 规格
试剂盒1 文库稀释缓冲液 1×4.5 ml/管
MiSeq TM Dx试剂卡盒 1×1
试剂盒2 MiSeq TM Dx SBS溶液(PR2) 1×500 ml/瓶
MiSeq TM Dx流动槽 1×1

实验步骤

  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • 1

    预期用途

    基于边合成边测序的方法,与基因测序仪和特定的试剂盒配合使用,完成高通量测序过程并获取样本序列信息,是检测基因组DNA文库的一组通用试剂。本产品不用于全基因组测序。

  • 2

    检验原理

    测序反应通用试剂盒(测序法)用来处理含样本标签和捕获序列的DNA样本文库。在流动槽中捕获样本库,并使用边合成边测序(SBS)的方法在仪器上进行测序。SBS采用可逆终止子方法在单个碱基掺入模板并不断延伸DNA链时进行检测。

  • 3

    主要组成成分

    测序反应通用试剂盒(测序法)由试剂盒1和试剂盒2两部分组成。
    主要由试剂卡盒(含混合试剂、扩增混合试剂、甲酰胺、线性化混合液、通用引物混合试剂、缓冲液)、文库稀释缓冲液、SBS(边合成边测序)溶液、流动槽组成。

  • 4

    检验方法

    测序反应通用试剂盒(测序法)需要与基因测序仪配套使用,不能单独完成测序。以下仅为试剂的准备说明,其他信息请参见其他配套的试剂及基因测序仪使用手册。


    1.文库稀释缓冲液常温解冻后置于冰上,文库稀释缓冲液主要用于稀释样本文库。


    2.试剂卡盒:


    2.1试剂卡盒的准备


    2.1.1将试剂卡盒从-25°C-15°C保存的环境中取出。


    2.1.2将试剂卡盒放入含有足够的去离子水(室温)的水浴中,将试剂卡盒底部浸没至打印在试剂卡盒上的水线。不要让水超过最大水线。

    图 1 最大水线

    △点击放大图片


    2.1.3将试剂卡盒在室温水浴中直到完全解冻。解冻时间大约从6090分钟不等,这取决于试剂卡盒的类型。


    2.1.4从水浴槽中取出卡盒,在台上轻拍从而去除卡盒底部的水。干燥卡盒的底座。确保没有水溅在卡盒的顶部。


    2.2 检查试剂卡盒:


    2.2.1翻转该试剂卡盒10次以混合解冻的试剂,然后目视检查所有位置是否解冻。
    注意:重要的是,卡盒中的试剂被彻底解冻和混合,以确保测序顺利。


    2.2.2目视检查1号、2号和4号试剂,确保它们完全混合,不含沉淀物。


    2.2.3轻轻拍打工作台上的卡盒,以减少试剂中的气泡。
    注意 MiSeqTMDx吸管到达每个储存器的底部以抽吸试剂,因此储存器没有气泡是非常重要的。


    2.2.4
    将试剂卡盒放在冰上,或者放置在2℃8℃(最多6小时),直到准备好运行。为获得最佳效果,请直接装载样本并设置运行。


    2.3
    将样本文库装载至试剂卡盒:当试剂卡盒完全解冻准备好后,即可把样本装载到卡盒中。


    2.3.1 使用一个单独且干净的空的1毫升移液器吸管,穿过标有Load Samples(装载样本)的试剂卡盒上的储液器铝箔密封膜。

    注意:不要刺穿试剂的任何其他位置。其他试剂位置在运行期间自动刺穿。


    2.3.2
    600μl DAL样本文库吸取至Load Samples(装载样本)储存器。注意在分配样本时避免接触铝箔密封膜。


    2.3.3 装载样本后检查储存器中的气泡。如果存在气泡,请轻轻拍打工作台上的试剂盒以释放气泡。

    图 3 装载文库

    △点击放大图片


    2.3.4 在软件界面进行运行设置。


    2.4 试剂卡盒的位置对应的组分
    MiSeqTMDx 试剂托盘包括试剂卡盒底和试剂卡盒盖(安装有 RFID)。

     



    图 4 为 MiSeqTMDx 卡盒示意图。卡盒内试剂的布置和各试剂的描述列于表 1。

    △点击放大图片


    位置 试剂名称
    1 结合用混合试剂
    2 扫描用混合试剂
    4 切割用混合试剂
    5 Read1 扩增用混合试剂
    6 Read2 扩增用混合试剂
    7 线性化预混液
    8 甲酰胺
    9 Read1 线性化混合液
    10 Read2 线性化混合液
    11 重合成混合试剂
    12 Read1 引物混合试剂
    13 Index 引物混合试剂
    14 Read2 引物混合试剂
    15 清洗缓冲液 1(PW1)
    16 清洗缓冲液 1(PW1)
    17 将盒插入仪器前,客户装入制备好的文库样品的位置。(TMP)
    18
    19
    20
    21 清洗缓冲液(PW1)
    22

     


    3.  流动槽:



    图 5 取出流动槽

    △点击放大图片


    3.1 使用塑料镊子,夹住流动槽塑料卡盒的底座,并将其从流动槽容器中取出。


    3.2 使用实验室用水轻轻清洗流动槽,确保玻璃和塑料滤筒内剩余的盐都已被彻底清洗。过量的盐会影响仪器上的流动槽座。如果盐在成像区域干燥,成像也可能受到影响。



    图 6 清洗流动槽

    △点击放大图片


    3.3 使用黑色流动槽端口周围的垫片(如下图所示为橙色),使用无绒的镜头清洁纸巾彻底干燥流动槽和卡盒。在垫片和相邻玻璃的区域轻轻拍打。



    图 7 流动槽端口和垫片

    △点击放大图片


    3.4 使用酒精擦拭物清洁流动槽玻璃。确保玻璃上没有条纹、指纹、棉绒或组织纤维。避免在流动槽端口垫片上使用酒精擦拭物。



    图 8 干燥流动槽

    △点击放大图片


    3.5 使用无绒镜头清洁纸巾干燥多余的酒精。


    3.6 确保流动槽端口没有障碍物,并且密封垫片位于流动槽端口周围。如果垫片看起来被移开,请将其轻轻地按回到位,直到其牢固地靠在流动槽端口周围。对流动槽进行清洗后,按照基因测序仪使用手册的要求将其装载到仪器相应位置。


    4.将在2°C8°C环境中储存的 MiSeqTMDx SBS溶液(PR2)取出。翻转混合,然后取下盖子。打开试剂仓门,抬起吸管手柄,直到锁定到位。拆下清洗瓶并安装SBS溶液(PR2)瓶。

  • 5

    注意事项

    1.  本试剂的一些组分含有潜在危险的化学品。可通过吸入、摄入、皮肤接触和眼睛接触而发生人身伤害。以防暴露 的危险,需要穿戴防护设备,包括护目镜、手套和实验室外套。参照适用的区域、国家和地方的法律法规按照化 学废弃物来处理使用过的试剂。


    2.  如不按程序进行,可能会导致错误的结果或显著降低样本质量。


    3.  采用常规的实验室预防措施。不要用嘴吸吸管。禁止在指定的工作区域内吃、喝或吸烟。处理样本和试剂盒时要戴一次性手套、穿实验室外套。处理样本和试剂盒后要彻底洗手。


    4.  需要适当的实验室实践和良好的实验室卫生以防止PCR产物污染试剂、仪器和基因组DNA样品。PCR污染可能导致不准确和不可靠结果。


    5.  为防止污染,确保扩增前和扩增后的区域有专用的设备和消耗品(如移液器,吸头,加热器,振荡器和离心机)。


    6.  样本标签配对必须与打印出的板面布局完全匹配。当输入程序模块时,Local Run Manager会将标签序列与样品名称自动匹配。强烈建议用户在开始测序程序前确认样品标签已准确匹配。样品和板面标签不匹配会导致阳性样本识别失败和报告结果不正确。

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