这里我们以MiSeq TM Dx Reagent Kit v3为例,产品货号20011197,产品列表详见右下方推荐产品
测序反应通用试剂盒(测序法)由试剂盒1和试剂盒2两部分组成。
试剂盒 | 组分 | 规格 |
试剂盒1 | 文库稀释缓冲液 | 1×4.5 ml/管 |
MiSeq TM Dx试剂卡盒 | 1×1 | |
试剂盒2 | MiSeq TM Dx SBS溶液(PR2) | 1×500 ml/瓶 |
MiSeq TM Dx流动槽 | 1×1 |
实验步骤
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预期用途
基于边合成边测序的方法,与基因测序仪和特定的试剂盒配合使用,完成高通量测序过程并获取样本序列信息,是检测基因组DNA文库的一组通用试剂。本产品不用于全基因组测序。
检验原理
测序反应通用试剂盒(测序法)用来处理含样本标签和捕获序列的DNA样本文库。在流动槽中捕获样本库,并使用边合成边测序(SBS)的方法在仪器上进行测序。SBS采用可逆终止子方法在单个碱基掺入模板并不断延伸DNA链时进行检测。
主要组成成分
测序反应通用试剂盒(测序法)由试剂盒1和试剂盒2两部分组成。
主要由试剂卡盒(含混合试剂、扩增混合试剂、甲酰胺、线性化混合液、通用引物混合试剂、缓冲液)、文库稀释缓冲液、SBS(边合成边测序)溶液、流动槽组成。检验方法
测序反应通用试剂盒(测序法)需要与基因测序仪配套使用,不能单独完成测序。以下仅为试剂的准备说明,其他信息请参见其他配套的试剂及基因测序仪使用手册。
1.文库稀释缓冲液常温解冻后置于冰上,文库稀释缓冲液主要用于稀释样本文库。
2.试剂卡盒:
2.1试剂卡盒的准备
2.1.1将试剂卡盒从-25°C到 -15°C保存的环境中取出。
2.1.2将试剂卡盒放入含有足够的去离子水(室温)的水浴中,将试剂卡盒底部浸没至打印在试剂卡盒上的水线。不要让水超过最大水线。图 1 最大水线
△点击放大图片
2.1.3将试剂卡盒在室温水浴中直到完全解冻。解冻时间大约从60到90分钟不等,这取决于试剂卡盒的类型。
2.1.4从水浴槽中取出卡盒,在台上轻拍从而去除卡盒底部的水。干燥卡盒的底座。确保没有水溅在卡盒的顶部。
2.2 检查试剂卡盒:
2.2.1翻转该试剂卡盒10次以混合解冻的试剂,然后目视检查所有位置是否解冻。
注意:重要的是,卡盒中的试剂被彻底解冻和混合,以确保测序顺利。
2.2.2目视检查1号、2号和4号试剂,确保它们完全混合,不含沉淀物。
2.2.3轻轻拍打工作台上的卡盒,以减少试剂中的气泡。
注意 MiSeqTMDx吸管到达每个储存器的底部以抽吸试剂,因此储存器没有气泡是非常重要的。
2.2.4将试剂卡盒放在冰上,或者放置在2℃至8℃(最多6小时),直到准备好运行。为获得最佳效果,请直接装载样本并设置运行。
2.3 将样本文库装载至试剂卡盒:当试剂卡盒完全解冻准备好后,即可把样本装载到卡盒中。
2.3.1 使用一个单独且干净的空的1毫升移液器吸管,穿过标有Load Samples(装载样本)的试剂卡盒上的储液器铝箔密封膜。注意:不要刺穿试剂的任何其他位置。其他试剂位置在运行期间自动刺穿。
2.3.2 将600μl DAL样本文库吸取至Load Samples(装载样本)储存器。注意在分配样本时避免接触铝箔密封膜。
2.3.3 装载样本后检查储存器中的气泡。如果存在气泡,请轻轻拍打工作台上的试剂盒以释放气泡。图 3 装载文库
△点击放大图片
2.3.4 在软件界面进行运行设置。
2.4 试剂卡盒的位置对应的组分
MiSeqTMDx 试剂托盘包括试剂卡盒底和试剂卡盒盖(安装有 RFID)。
图 4 为 MiSeqTMDx 卡盒示意图。卡盒内试剂的布置和各试剂的描述列于表 1。△点击放大图片
位置 试剂名称 1 结合用混合试剂 2 扫描用混合试剂 4 切割用混合试剂 5 Read1 扩增用混合试剂 6 Read2 扩增用混合试剂 7 线性化预混液 8 甲酰胺 9 Read1 线性化混合液 10 Read2 线性化混合液 11 重合成混合试剂 12 Read1 引物混合试剂 13 Index 引物混合试剂 14 Read2 引物混合试剂 15 清洗缓冲液 1(PW1) 16 清洗缓冲液 1(PW1) 17 将盒插入仪器前,客户装入制备好的文库样品的位置。(TMP) 18 空 19 空 20 空 21 清洗缓冲液(PW1) 22 空
3. 流动槽:
图 5 取出流动槽△点击放大图片
3.1 使用塑料镊子,夹住流动槽塑料卡盒的底座,并将其从流动槽容器中取出。
3.2 使用实验室用水轻轻清洗流动槽,确保玻璃和塑料滤筒内剩余的盐都已被彻底清洗。过量的盐会影响仪器上的流动槽座。如果盐在成像区域干燥,成像也可能受到影响。
图 6 清洗流动槽△点击放大图片
3.3 使用黑色流动槽端口周围的垫片(如下图所示为橙色),使用无绒的镜头清洁纸巾彻底干燥流动槽和卡盒。在垫片和相邻玻璃的区域轻轻拍打。
图 7 流动槽端口和垫片△点击放大图片
3.4 使用酒精擦拭物清洁流动槽玻璃。确保玻璃上没有条纹、指纹、棉绒或组织纤维。避免在流动槽端口垫片上使用酒精擦拭物。
图 8 干燥流动槽△点击放大图片
3.5 使用无绒镜头清洁纸巾干燥多余的酒精。
3.6 确保流动槽端口没有障碍物,并且密封垫片位于流动槽端口周围。如果垫片看起来被移开,请将其轻轻地按回到位,直到其牢固地靠在流动槽端口周围。对流动槽进行清洗后,按照基因测序仪使用手册的要求将其装载到仪器相应位置。
4.将在2°C至8°C环境中储存的 MiSeqTMDx SBS溶液(PR2)取出。翻转混合,然后取下盖子。打开试剂仓门,抬起吸管手柄,直到锁定到位。拆下清洗瓶并安装SBS溶液(PR2)瓶。注意事项
1. 本试剂的一些组分含有潜在危险的化学品。可通过吸入、摄入、皮肤接触和眼睛接触而发生人身伤害。以防暴露 的危险,需要穿戴防护设备,包括护目镜、手套和实验室外套。参照适用的区域、国家和地方的法律法规按照化 学废弃物来处理使用过的试剂。
2. 如不按程序进行,可能会导致错误的结果或显著降低样本质量。
3. 采用常规的实验室预防措施。不要用嘴吸吸管。禁止在指定的工作区域内吃、喝或吸烟。处理样本和试剂盒时要戴一次性手套、穿实验室外套。处理样本和试剂盒后要彻底洗手。
4. 需要适当的实验室实践和良好的实验室卫生以防止PCR产物污染试剂、仪器和基因组DNA样品。PCR污染可能导致不准确和不可靠结果。
5. 为防止污染,确保扩增前和扩增后的区域有专用的设备和消耗品(如移液器,吸头,加热器,振荡器和离心机)。
6. 样本标签配对必须与打印出的板面布局完全匹配。当输入程序模块时,Local Run Manager会将标签序列与样品名称自动匹配。强烈建议用户在开始测序程序前确认样品标签已准确匹配。样品和板面标签不匹配会导致阳性样本识别失败和报告结果不正确。