9.2 内源性参考基因

9.1 对照

对于基因表达的相对定量，选择合适的基因作为参考是很重要的(见表管家基因常用作内源性参考)。

在实验条件下，或在同一组织或细胞系的不同状态下(例如，“疾病”与“正常”样本)，参考基因的表达水平不得变化。参考RNA的表达水平也应该与所研究的RNA大致相同。通常用于相对定量的参考RNA包括b－肌动蛋白、b-2－微球蛋白、肽基丙基异构酶A和GAPDH mRNA，以及18S rRNA。b-actin mRNA普遍表达，是最早用作参考序列的RNA之一。

然而，它的转录水平可能会有所不同，假基因的存在可能意味着在实时PCR过程中检测到基因组DNA，导致定量不准确。GAPDH是一种管家基因，通常用作基因表达定量的参考。GAPDH mRNA水平可能在个体之间、细胞周期的不同阶段以及用不同药物治疗后有所不同，这使得GAPDH不适合作为某些系统的参考。由于18S rRNA不是信使核糖核酸，其在细胞中的表达水平可能无法准确反映细胞信使核糖核酸群体。因此，基因组合可能为定量研究提供最可靠的参考。

实验步骤

Gene	Human gene symbol	Mouse gene symbol	Relative expression	Relative expression
Gene	Human gene symbol	Mouse gene symbol	level in humans	level in mice*
18S ribosomal RNA	RRN18S	Rn18s	++++	++++
Actin, beta	ACTB	Actb	+++	+++
Glyceraldehyde-3-phosphate	GAPDH	Gapdh	+++	+++
dehydrogenase	GAPDH	Gapdh	+++	+++
Phosphoglycerate kinase 1	PGK1	Pgk1	+++	+++
Peptidylprolyl isomerase A	PPIA	Ppia	+++	+++
Ribosomal protein L13a	RPL13A	Rpl13a	+++	+++
Ribosomal protein, large, P0	RPLP0	–	+++	–
Acidic ribosomal	–	Arbp	–	+++
phosphoprotein PO	–	Arbp	–	+++
Beta-2-microglobulin	B2M	B2m	++ to +++	++ to +++
Tyrosine 3-monooxygenase/	YWHAZ	Ywhaz	++ to +++	+
tryptophan5-monooxygenase
activation protein,
zeta polypeptide
Succinate dehydrogenase	SDHA	Sdha	++	+
complex, subunit A,
flavoprotein (Fp)
Transferrin receptor	TFRC	Tfrc	++	+
Aminolevulinate, delta-,	ALAS1	Alas1	+	+
synthase 1	ALAS1	Alas1	+	+
Glucuronidase, beta	GUSB	Gusb	+	+
Hydroxymethylbilane	HMBS	Hmbs	+	++ to +++
synthase	HMBS	Hmbs	+	++ to +++
Hypoxanthine	HPRT1	Hrpt1	+	+
phosphoribosyltransferase 1	HPRT1	Hrpt1	+	+
TATA box binding protein	TBP	Tbp	+	+
Tubulin, beta	TUBB	–	+	–
Tubulin, beta 4	–	Tubb4	–	+