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目的基因与载体的连接反应中，存在多种可能的连接方式，除了正确连接外，也可能出现载体和载体连接，目的基因和目的基因连接，或者部分连接的情况，因此需要把正确连接的重组质粒筛选出来。通常将连接产物转化到大肠杆菌中，通过菌落PCR或者酶切鉴定的方法筛选出阳性克隆株，然后送到测序公司进行测序。测序准确的阳性克隆株就可以进行大量扩增和保存。
常用的大肠杆菌感受态细胞为DH5α或者TOP10。