成功表达目标蛋白的菌液上清可开始进行蛋白纯化。标签蛋白纯化通常使用2步或者3步纯化方式。
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实验步骤
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两步法蛋白纯化
两步法蛋白纯化中，第一步使用亲和层析进行样品初纯，第二步使用凝胶过滤层析进行样品精纯。凝胶过滤层析可以进一步提高样品的纯度，还具有去除聚集体，脱盐和置换缓冲液的作用。
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三步法蛋白纯化
如果两步法蛋白纯化还需要进一步提高纯度，可在亲和层析和凝胶过滤层析中间再加入一步离子交换。离子交换也可去除电荷异构体。
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纯化方式选择
亲和层析如果有纯化仪器，可直接使用预装柱进行纯化；如果不使用纯化仪器，则可使用重力的方法进行纯化。
离子交换和凝胶过滤层析一般使用仪器进行纯化。