逻辑设门方案
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生物学背景
小鼠肿瘤样本的7色髓系分型
肿瘤微环境是一种非常复杂且动态的生态系统，是有很多不同细胞群共存的地方。主要参与者包括肿瘤细胞、 免疫细胞和支持细胞，在这些细胞群中，人们经常可以找到与急性炎症相关的细胞(包括中性粒细胞、嗜碱性粒细胞和嗜酸性粒细胞)、先天免疫相关的细胞(包括巨噬细胞、NK 细胞和DC)以及来自适应性免疫反应的细胞。NK 细胞是先天免疫系统中的细胞毒性效应淋巴细胞，其主要功能是帮助控制感染和肿瘤。
实验步骤
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逻辑设门图&数据结果说明
常规流式数据分析
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T-sne流式数据分析展示：
通过对CD45+细胞进行T-sne降维分析，生成如下流式结果，对比S1和S2两个样本的差异性一目了然：
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通过对CD45+细胞进行T-sne降维分析，生成如下流式结果，代入常规数据圈门，可以单图展示单个样本内DC,MSDC,Macrophages三类细胞之间的比例关系和内在联系，大幅度集成数据的可视化和信息量：
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通过对CD45+的细胞进行flowsom聚类分析，自动化生成多个细胞亚群，对进一步挖掘微小亚群，探讨亚群之间的相关性进行提示和展现：
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利用ClusterExplorer插件将x-shift聚类分析的细胞进行指标热力图展示，结合T-sne数据有利的展示出多个细胞亚群之间的关系和具体特征：
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使用7色的多色方案对小鼠肿瘤微环境中树突状细胞、巨噬细胞、MDSC细胞进行研究
来自C57小鼠(N=3)的肿瘤进行代表性分析。首先根据光散射特性去黏连得到单细胞，再利用FSC-A和SSC-A圈中目的细胞。通过FVS死活染料圈出活细胞，CD45+细胞门鉴定白细胞，通过CD11B和F4/80圈出巨噬细胞，CD11B和Gr-1圈出MDSC细胞，CD11C和MHCII圈出DC细胞。在3激光12色BD Celesta流式细胞仪上采集样本。使用Flowjo v10软件进行数据分析。脑图和热图等使用Flowjo v10软件上的T-SNE、FlowSOM以及ClusterExplorer、x-shift插件创建。