逻辑设门方案
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生物学背景
免疫细胞来源于造血干细胞，随着分化发育，分为髓系和淋系大类细胞群。本方案提供多色流式骨架案例，可用于比较淋系和髓系大类细胞群，初步筛选髓系细胞如中性粒细胞、单核细胞、树突状细胞，及淋系细胞T细胞，B细胞，NK细胞和NKT，并了解功能指标CD69的表达情况。CD69对多种血细胞的激活、增殖和分化起重要作用，并与某些疾病的发生发展有关，是一个重要的多向性免疫调节分子。
panel&结果展示
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实验信息
样本类型
Mouse Spleen
方案类型
Multicolor panel
实验方案
Surface marker staining
使用的仪器
4-laser,12-color(6 violet/4 YG/2 blue/2 red)BD FACSymphony A1 Flow Cytometer
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配色方案
激光 标志物 荧光染料 克隆 体积/测试 货号 Blue 488 nm I-A/I-E BB515 2G9 5ul 565254 L/D 7-AAD / 5ul 559925 Red 637nm LY-6G APC 1A8 5ul 560599 CD45 APC-CY7 30-F11 5ul 557659 YG 561nm NK1.1 PE PK136 5ul 553165 CD69 PE-CF594 H1.2F3 5ul 562455 CD8 PE-CY7 53-6.7 5ul 552877 Violet 405nm CD11C BV421 HL3 5ul 562782 CD4 BV510 RM4-5 5ul 563106 LY-6C BV605 AL-21 5ul 563011 CD3 BV650 145-2C11 5ul 564378 CD11B BV711 M1/70 5ul 563168 CD45R/B220 BV786 RA3-6B2 5ul 563894 -
逻辑设门图&数据结果说明
图a. U-map△点击放大图片
图b. Flowsom
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图c. Heatmap△点击放大图片
使用多色方案对小鼠脾脏髓系和淋系细胞进行分型分析
首先根据FSC-A & SSC-A去碎片，再根据FSC-A & FSC-H和SSC-A & SSC-H去粘连，通过7-AAD选出活细胞，再进行CD45 与 SSC-A组合识别免疫细胞群。通过已有的免疫分型知识设门圈群分析定义CD4+T、CD8+T、NK、NKT、B淋系细胞群，及中性粒细胞、单核细胞、DC细胞髓系细胞群。使用Flowjo v10软件进行算法降维UMAP、T-SNE及自动聚类FlowSOM分析，结合第三参数热图分析及overlay等功能，更全面分析定义样本更多细胞群，及这些细胞群各指标相对表达量，及功能指标表达丰度的可视化。