UFBP036-Human T细胞光谱流式Panel(25色)
实验步骤
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生物学背景
针对T细胞的免疫分型以及分化分型往往都是比较复杂的过程，两者在很多情况下也会存在一定的重合交杂，在以往的常规方式中，我们通过对一个样本进行多组不同荧光染色的方案来分别完成各个细胞亚群的比例监测和蛋白表达评估的工作。但是伴随着流式细胞术的发展，尤其是多色流式细胞术的可检测通道量大幅度提升，在同一个样本中进行单组多荧光抗体标记的方法已经逐渐成熟。本方案即是使用全光谱流式细胞仪对人外周血/PBMC中的淋巴（T,B,NK,NKT,ILCs）细胞进行全面的评估，并且专注于T细胞的深度免疫分型和分化分型的关系进行相应的探究。
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实验信息
样本类型 人全血（肝素钠抗凝保存） 人PBMC（经过梯度密度离心） 方案类型 多色流式 使用的仪器 Sony ID7000 全光谱流式细胞仪 -
配色方案
激光 标志物 荧光染料 克隆号 体积/测试 货号 Ultraviolet 355nm CD103 BUV395 Ber-ACT8 5 μl 564346 CD4 BUV496 RPA-T4 5 μl 741134 CCR5 BUV563 2D7/CCR5 5 μl 741401 CD8 BUV805 HIT8a 5 μl 742030 Violet 405nm CD127 BV421 HIL-7R-M21 5 μl 562437 CD19 BV480 SJ25C1 5 μl 566103 CD27 BV510 L128 5 μl 563092 CD45RA BV605 HI100 5 μl 562886 CD56 BV650 NCAM16.2 5 μl 564057 CXCR5 BV711 RF8B2 5 μl 740737 CCR7 BV786 3D12 5 μl 563710 CD3 V500 SP34-2 5 μl 560770 Blue 488nm CD28 FITC CD28.2 5 μl 556621 CD25 BB515 2A3 5 μl 564467 CXCR3 PerCP-Cy5.5 1C6/XCR3 5 μl 560832 CD39 PE TU666 5 μl 555464 CCR6 PE-Cy7 11A9 5 μl 560620 CD11b RB545 M1/70 5 μl 569255 CD69 RB705 H1.2F3 5 μl 756896 Violet 405nm CD279 RB744 EH12.1 5 μl 570479 Red 633nm CCR6 PE-Cy7 11A9 5 μl 560620 CD49D AF700 (R718) 9F10 5 μl 752276 TCR γδ APC B1 5 μl 561049 CD45 APC-Cy7 2D1 5 μl 557833 CD38 APC-R700 HIT2 5 μl 564979 -
逻辑设门图&数据结果说明
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将样本对照组，实验组进行聚合后，进行T-sne和U-map两种方式的降维聚合：
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将对照组，实验组样本在两者降维后进行对比，发现存在一定异质性：
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对样本数据进行Flowsom自动聚类分析，建立25个亚群体系，代入Umap，在整体淋巴细胞群上探究实验组和对照组的异质性亚群：
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找出感兴趣的特异性亚群，使用cluster explorer观察差异亚群的蛋白表达情况，推测其具体亚群表征：
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选择T细胞群进行进一步降维分析，得到T细胞亚群的T-sne群落图：
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分别按照T细胞的免疫分型关系和分化亚型关系进行代入，获得T细胞亚群的特征图谱，T细胞的免疫分型关系和分化亚型逻辑如下：
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T细胞免疫分型关系亚群的特征图谱如下：
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T细胞分化发育分型关系亚群的特征图谱如下：
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针对T细胞的特征蛋白，在T-sne水平上进行全细胞群表达的观察：
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