UFBP028-Analysis of Major Cell Subsets in Human PBMC（20色光谱）
实验步骤
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生物学背景
针对样本的全免疫微环境的画像刻画往往都是比较复杂的过程，在以往的常规方式中，我们通过对一个样本进行多组不同荧光染色的方案来分别完成各个细胞亚群的比例监测和蛋白表达评估的工作。但是伴随着流式细胞术的发展，尤其是多色流式细胞术的可检测通道量大幅度提升，在同一个样本中进行单组多荧光抗体标记的方法已经逐渐成熟。本方案即是使用全光谱流式细胞仪对人外周血/PBMC中的淋巴（T,B,NK,NKT,ILCs）单核，粒细胞进行全面的评估，并且发现一些既往的biomarker会在一些细胞群中呈现不同的新分群。
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实验信息
样本类型 Human whole blood；Human PBMC 方案类型 Multicolour panel 实验方案 Human Blood Surface marker staining 使用的仪器 Cytek全光谱流式细胞仪 -
配色方案
激光 标志物 荧光染料 克隆 体积/测试 货号 Violet 405nm CD3 V500 SP34-2 5 μl 560770 CD4 BV421 L200 5 μl 562842 CD19 BV480 SJ25C1 5 μl 566103 CD56 BV510 NCAM16.2 5 μl 563041 CD45RA BV605 HI100 5 μl 562886 CD123 BV650 7G3 5 μl 563405 CD11C BV711 B-ly6 5 μl 563130 CD16 BV786 3G8 5 μl 563690 Blue 488nm CD14 PerCP-Cy5.5 M5E2 5 μl 550787 CD25 BB515 2A3 5 μl 564468 HLA-DR FITC L243 5 μl 307604 VG 561nm CD127 PE hIL-7R-M21 5 μl 557938 IgG PE-Cy5 G18-145 20 μl 551497 CD27 PE-Cy7 M-T271 5 μl 560609 CD197 PE-CF594 150503 5 μl 562381 Red 640nm CD8 APC-Cy7 SK1 5 μl 557834 CD138 APC-R700 M115 5 μl 566050 CD68 Alexa Fluor 647 Y1/82A 5 μl 562111 CD38 APC HIT2 20 μl 555462 CD49D R718 L25 5 μl 752156 -
逻辑设门方案
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逻辑设门图&数据结果说明
1.常规多色数据分析：
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2.使用两种降维分析方式（T-sne&Umap）对样本信息进行降维，生成降维图后将常规多色数据分析代入观察整体亚群关系：
样本经过T-sne和Umap降维后结果如下：
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将常规多色数据分析分别代入Umap和T-sne，观察整体亚群关系：
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观察关键蛋白在整体细胞亚群上的表达情况：
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3.为了进一步探究细胞亚群的相互关系，使用Flowsom进行全自动聚类分析：
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分析后代入t-SNE可以看到最终生成29个亚群：
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29个亚群的蛋白表达情况：
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