该流程按照Qiagen的Qproteome® Cell Compartment Kit来进行，如果用的是其他品牌的试剂盒，可以参考其说明书进行操作该试剂盒适用于5-10X106个细胞或20mg组织，按照蛋白亚细胞定位的不同，分为胞浆,细胞膜，细胞核与细胞骨架4个组分。
| 组分 | 37502 10次 |
| Lysis Buffer | 10mL |
| Extraction Buffer CE2 | 10mL |
| Extraction Buffer CE3 | 5mL |
| Extraction Buffer CE4 | 5mL |
| Benzonase® Nuclease | 80 μL |
| Protease Inhibitor Solution (100x) | 300 μL |
| QIAshredder | 10个 |
实验步骤
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使用前的准备
(1) 需提前准备冷的PBS缓冲液，蒸馏水，震荡仪，如组织样本还需组织破碎仪等。
(2) Benzonase® Nuclease、Lysis Buffer、Extraction Buffers CE2 、CE3保存至-20°C。Protease Inhibitor Solution (100x)保存在4°C。Extraction Buffer CE4保存15‒25°C。
(3) 实验前解冻各溶液，分别向每1ml 的Lysis Buffer、Extraction Buffers CE2 、CE3中添加10μl Protease Inhibitor Solution。 -
细胞样本提取步骤
(1) 将5-10X106个细胞转移至15mL锥形离心管中，4°C 500g离心10min，弃上清。
(2) 使用2ml 冷PBS重悬细胞，4°C 500g离心10min，弃上清。重复一次。
(3) 加入1ml 冷Lysis Buffer反复吹打后，4°C孵育10min 。4°C 1000g离心10min。取上清为胞质蛋白。
(4) 沉淀加入1ml 冷CE2反复吹打后，4°C冷冻孵育10min。4°C 6000g离心10min，取上清为膜蛋白。
(5) 沉淀加入7μl Benzonase® Nuclease和13μl 蒸馏水，重悬沉淀，室温下孵育15min。
(6) 加入500μl冷CE3反复吹打后，振荡器上4°C孵育10min。4°C 6800g离心10min，取上清为核蛋白。
(7) 沉淀加入500μl CE4即为细胞骨架蛋白。 -
组织样本提取步骤
(1) 取3-4片PBS清洗过的组织，加入500μL Lysis Buffer，破碎组织不超过5s。如脑组织加入2mLLysis Buffer。
(2) 悬浮液转移至QIAshredder homogenizer中，4°C 510g离心2min。
(3) 重悬后加入500μL Lysis Buffer，如脑组织加入1.5mL Lysis Buffer。
(4) 4°C震荡孵育10min 。4°C 4000g离心10min。取上清为胞质蛋白。
(5) 沉淀加入1mL 冷CE2反复吹打后，4°C震荡孵育30min。4°C 6000g离心10min。取上清为膜蛋白。
(6) 沉淀加入7μL Benzonase® Nuclease和13μL蒸馏水，重悬沉淀，室温下孵育15min。
(7) 加入500μL冷CE3反复吹打后，振荡器上4°C孵育10min。4°C 6800g离心10min，取上清为核蛋白。
(8) 沉淀加入500μL CE4即为细胞骨架蛋白。