自噬是自噬溶酶体降解大部分细胞浆内容物的一种分解代谢过程。
在自噬期间，有三种人源LC3同工型(LC3A、LC3B 和 LC3C)发生翻译后修饰。
合成后在LC3羧基末端迅速裂解，可产生胞质的LC3-I型。在自噬过程中，通过一个涉及Atg7和Atg3的类泛素体系，LC3-I 被脂质化为LC3-II，从而将LC3与自噬小泡结合。
自噬体中LC3的存在，以及转化成向下迁移的LC3-II，是自噬发生的标志。

 LC3-I/II的形成和降解是一个动态过程:瞬时LC3-II表达不能反映自噬程度，需配合使用工具药(如氯喹)分析自噬变化。 

自噬小体有一个生成、融合、降解的过程，即“自噬流”。
 所以，单时间点LC3-II的表达改变并不能体现自噬的改变，需要使用一些阻断溶酶体降解的药物(如氯喹、巴佛洛霉素A1等)，判断在干预手段下，细胞的自噬程度的改变。
 氯喹可以通过抑制溶酶体功能(比如升高它的pH值)，抑制LC3-II的降解;巴佛洛霉素A1则是一种强效V-ATPase抑制剂，阻断溶酶体依赖的降解。
 在“堵漏”的前提下，根据一段时间内LC3-II的积聚程度，判断自噬的改变。

哺乳动物LC3蛋白的四个亚型(LC3A, LC3B,LC3B2和 LC3C)，他们的表达因组织或细胞类型而异。需要根据自己使用的细胞系或者组 织的情况，使用合适的靶标抗体。通过使用抗LC3A/B抗体，同时检测LC3A和LC3B，可以大大增加实验的成功率。 

LC3作为脂化和膜相关蛋白，在细胞裂解后，对其进行冰上短暂超声，促进蛋白的溶解，将其从膜上解离。 超声方法:使用35%-40%的最大功率进行3次超声脉冲，每次超声时间10秒,每次超声之间停顿10秒，不同的仪器可以调整最大功率水平在200W左右。

如没有细胞超声仪，可使用1mL注射器(带针头)，通过反复抽吸的方式达到类似于超声的效果。 LC3-I的分子量约16KD，由于LC3-II接合了PE基团，所以理论上，LC3-II的分子量比LC3-I更高。但是，由于带负电的PE改变了LC3-II的性质，使其疏水性更强，导致其在电泳中迁移率更高，所以，LC3-II在电泳后，停留在了更小分子量(约14KD)处。对于小分子蛋白，需要 注意使用15%分离胶，0.22um的膜进行转膜。